Форум для людей с сахарным диабетом

Российская Диабетическая Ассоциация
Текущее время: 28 окт 2021, 07:59

Часовой пояс: UTC + 3 часа




Начать новую тему Ответить на тему  [ 1 сообщение ] 
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: Клеточный иммунитет оценка
СообщениеДобавлено: 30 июн 2021, 22:02 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 24 май 2011, 17:44
Сообщения: 924
После заявления пресс-секретаря Президента РФ Пескова о том, что он не будет прививаться, так как переболел и у него высокий уровень клеточного иммунитета к нам стало поступать много обращений от членов РДА с вопросом КАК МОЖНО ОЦЕНИТЬ УРОВЕНЬ клеточного иммунитета у переболевших КОВИД или у привившихся.
Вопрос сложный. Далее публикуем ЧЕРНОВОЙ перевод англоязычной научной статьи по теме.

ПРОСИМ ДОБРОВОЛЬЦЕВ по ссылке сделать КАЧЕСТВЕННЫЙ перевод и переслать нам на 5053399@mail.ru для публикации в основных материалах сайта.
Мы НЕ успеваем. Московский офис сейчас опять практически блокирован.
С уважением,

Екатерина Фатерова, директор медико-методического цетра, 920 567 00 55

Селективные и кросс-реактивные эпитопы Т-клеток SARS-CoV-2 у людей.
Science 02 Oct 2020:
Vol. 370, Issue 6512, pp. 89-94
DOI: 10.1126/science.abd3871

Ранее существовавший иммунный ответ на SARS-CoV-2
Устойчивые Т-клеточные реакции на вирус коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2) наблюдаются у большинства людей с коронавирусной болезнью 2019 года (COVID-19). Несколько исследований сообщили, что некоторые люди, которые не подвергались воздействию SARS-CoV-2, имеют уже существующую реактивность к последовательностям SARS-CoV-2. Иммунологические механизмы, лежащие в основе этой ранее существовавшей реактивности, неясны, но предыдущее воздействие широко циркулирующих коронавирусов простуды может быть вовлечено. Матеус и др. установлено, что ранее существовавшая реактивность против SARS-CoV-2 происходит от Т-клеток памяти и что кросс-реактивные Т-клетки могут специфически распознавать эпитоп SARS-CoV-2, а также гомологичный эпитоп от коронавируса простуды. Эти результаты подчеркивают важность определения влияния ранее существовавшей иммунной памяти на тяжесть заболевания COVID-19.
Наука, этот вопрос с. 89
Абстрактный
Существует много неизвестных об иммунных реакциях человека на вирус коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2–реактивные CD4+ Т-клетки были зарегистрированы у неэкспонированных людей, что свидетельствует о существовании кросс-реактивной Т-клеточной памяти у 20-50% людей. Однако источник этих Т-клеток был спекулятивным. Используя образцы крови человека, полученные до того, как вирус SARS-CoV-2 был обнаружен в 2019 году, мы нанесли на карту 142 Т-клеточных эпитопа по геному SARS-CoV-2, чтобы облегчить точный опрос специфичного для SARS-CoV–2 CD4+ Репертуар Т-клеток. Мы демонстрируем ряд ранее существовавших CD4+ Т-клеток памяти, которые перекрестно реагируют с сопоставимым сродством к SARS-CoV-2 и коронавирусам простуды human coronavirus (HCoV)-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 и HCoV-HKU1. Таким образом, пестрая Т-клеточная память на коронавирусы, вызывающие простуду, может лежать в основе, по крайней мере, некоторой обширной гетерогенности, наблюдаемой при коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19).

Появление тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 (SARS-CoV-2) в конце 2019 года и его последующее глобальное распространение привели к миллионам инфекций и значительной заболеваемости и смертности (1). Коронавирусная болезнь 2019 года (COVID-19), клиническое заболевание, вызванное инфекцией SARS-CoV-2, может варьироваться от легкой, самоограничивающейся болезни до острого респираторного дистресс-синдрома и смерти (2). Механизмы, лежащие в основе спектра состояний тяжести заболевания COVID-19, и природа защитного иммунитета против COVID-19 остаются неясными.
Исследования, изучающие иммунный ответ человека против SARS-CoV-2, начали характеризовать антигенспецифические Т-клеточные реакцииSARS-CoV-2 (3-8), а многочисленные исследования описали выраженную активацию подмножеств Т – клеток у пациентов с острым COVID-19 (9-13). Неожиданно антигенспецифические исследования Т-клеток, проведенные с пятью различными когортами, показали, что от 20 до 50% людей, не подвергавшихся воздействию SARS-CoV-2, имели значительную реактивность Т-клеток, направленную против пептидов, соответствующих последовательностям SARS-CoV-2 (3-7Исследования проводились в географически различных когортах (США, Нидерланды, Германия, Сингапур и Великобритания), и общая наблюдаемая картина состояла в том, что реактивность Т-клеток, обнаруженная у неэкспонированных лиц, была преимущественно опосредована CD4+. Т-клетки. Было высказано предположение, что это явление может быть связано с уже существующими реакциями памяти на коронавирусы “простуды” человека (HCoVs), такие как HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-NL63 и HCoV-229E. Эти HCoV имеют частичную гомологию последовательности с SARS-CoV-2, широко циркулируют в общей популяции и, как правило, ответственны за легкие респираторные симптомы (14-16Однако гипотеза о перекрестно-реактивном иммунитете между SARS-CoV-2 и HCOVS при простуде все еще ждет экспериментальных испытаний. Этот потенциальный ранее существовавший кросс-реактивный Т-клеточный иммунитет к SARS-CoV-2 имеет широкие последствия, поскольку он может объяснить аспекты дифференциальных клинических исходов COVID-19, повлиять на эпидемиологические модели стадного иммунитета (17, 18) или повлиять на эффективность вакцин-кандидатов COVID-19.
Репертуар эпитопов у лиц, не подвергшихся воздействию SARS-CoV-2
Для определения репертуара CD4+ Т-клеток, распознающих эпитопы SARS-CoV-2 у ранее не экспонированных лиц, мы использовали стимуляцию in vitro мононуклеарных клеток периферической крови (ПБМЦ) в течение 2 недель с пулами 15-мер-пептидов. Этот метод , как известно, является надежным для обнаружения низкочастотных Т-клеточных реакций на аллергены и бактериальные или вирусные антигены (19, 20), включая наивные Т-клетки (21). Для скрининга эпитопов SARS-CoV-2 мы использовали образцы PBMC от экспонированных субъектов, собранные в период с марта 2015 по март 2018 года, задолго до того, как произошла глобальная циркуляция SARS-CoV-2. Неэкспонированные субъекты были подтверждены как серонегативные для SARS-CoV-2 (рис. S1A).
SARS-CoV-2–реактивные Т-клетки были расширены, причем один пул пептидов охватывал всю последовательность спайкового белка (CD4-S), а другой-нешайковый “мегапул” (CD4-R) предсказанных эпитопов из нешайковых областей (т. е. “остаток”) вирусного генома (4Всего было скринировано 474 15-мерных пептида SARS-CoV-2. После 14 дней стимуляции реактивность Т-клеток против промежуточных “мезопул”, каждый из которых включает ~10 пептидов, анализировали с помощью флюороспот-анализа (например, 22 CD4-R мезопул; рис. S2A). Положительные мезопулы были дополнительно деконволютированы для идентификации специфических индивидуальных эпитопов SARS-CoV-2. Репрезентативные результаты от одного донора показывают деконволюцию мезопул P6 и P18 для идентификации семи различных эпитопов SARS-CoV-2 (рис. S2B). Внутриклеточные анализы окрашивания цитокинами, специфичные для интерферона γ (IFN-γ), определяли, являются ли антигенспецифичные Т-клетки, реагирующие на мезопулы SARS-CoV-2, CD4+или CD8+ Т-клетками (рис. S2C). Результаты комбинаций 44 доноров/CD4-R мезопула и 40 доноров/CD4-S мезопула, дающих положительный ответ, показаны на рис. S2, D и E соответственно. В 82/88 случаях (93,2%) клетки, реагирующие на стимуляцию мезопулы SARS-CoV-2, были явно CD4+ Т–клетками, о чем можно судить по соотношению CD4/CD8-ответных клеток; в четырех случаях (4,5%) ответными клетками были CD8+ И в двух случаях (2,3%) ответы были опосредованы как CD4+, так и CD8+ Т-клетками. Тот факт, что CD8+ Т-клетки редко обнаруживались, не был удивительным, поскольку пептиды, используемые в CD4-R, включали предсказанные эпитопы класса II, а CD4-S состоит из 15 - мерных пептидов (9-10-мерные пептиды являются оптимальными для CD8+ Т-клеток). Кроме того, 2-недельный протокол рестимуляции первоначально был разработан для расширения CD4+ Т-клеток (20). В целом, эти результаты показали, что стратегия пептидного скрининга использовала картированные эпитопы SARS-CoV-2, распознанные CD4+ Т - клетками у экспонированных людей.
Всего было идентифицировано 142 эпитопа SARS-CoV-2, 66 из спайкового белка (CD4-S) и 76 из остальной части генома (CD4-R) (таблица S1). Для каждой комбинации эпитопа и отвечающего донора потенциальные ограничения человеческого лейкоцитарного антигена (HLA) были выведены на основе прогнозируемой HLA-связывающей способности конкретного эпитопа для специфических аллелей HLA, присутствующих у отвечающего донора (22). Каждый донор распознал в среднем 11,4 эпитопа (диапазон от 1 до 33, медиана 6,5; рис. S3A). Сорок из 142 эпитопов были распознаны двумя или более донорами (рис. S3B), что составляет 55% от общего ответа (рис. S3C). Эти 142 картированных эпитопа SARS-CoV-2 могут оказаться полезными в будущих исследованиях в качестве реагентов для отслеживания CD4+ Т-клеток у инфицированных людей SARS-CoV–2 и в испытаниях вакцины COVID-19.
Распределение эпитопов по ОРФ происхождения
Хотя был распознан широкий спектр различных антигенов SARS-CoV-2, несколько эпитопов, дающих наиболее частые (т. е. распознанные у нескольких доноров) или наиболее энергичные (т. е. наиболее пятнообразующие клетки (SFCs)/106 клеток) ответы, были получены из спайкового антигена SARS-CoV-2 (таблица S1). Поэтому мы оценили общее распределение 142 Т-клеточных эпитопов, картированных среди всех белков SARS-CoV-2, по сравнению с относительным размером каждого антигена SARS-CoV-2 (рис. 1, А и Б). Пятьдесят четыре процента общего положительного ответа были связаны с эпитопами, полученными из спайков [рис. 1А; 11% для рецептор-связывающего домена (RBD) и 44% для не-RBD - части спайка]. Что касается разработки вакцины COVID-19, то только 20% спайковых ответов были получены из области RBD (рис. 1А; сравнение 11 против 44%, как описано выше), а на долю области RBD приходилось только 11% общей реактивности CD4+Т-клеток (рис. 1А). Картированные эпитопы были довольно равномерно распределены по геному SARS-CoV-2 пропорционально размеру каждого белка (рис. 1Б; Р = 0,038, r = 0.42). В дополнение к сильным ответам, направленным на спайк, ответы были также замечены для открытой рамки считывания 6 (ORF6), ORF3a, N, ORF8 и внутри Orf1a/b, где nsp3, nsp12, nsp4, nsp6, nsp2 и nsp14 были более заметны. Эти результаты картирования эпитопов на уровне ORFeome частично перекрываются с ORFs, нацеленными CD4+ Т - клетками в случаях COVID-19 (4). Эпитопы, полученные из мембранного белка (М), не были идентифицированы у неэкспонированных лиц (рис. 1Б), но М надежно распознается специфичными для SARS-CoV-2 CD4+ Т–клеточными реакциями в случаях COVID-19 (4Отсутствие качественных эпитопов класса II в М было неудивительно, основываясь на молекулярной биологии М: М-это небольшой белок с тремя трансмембранными доменами. В совокупности эти данные указывают на то, что эпитопы класса II относительно широко доступны в геноме SARS-CoV-2, но что CD4 + Т-клетки памяти SARS-CoV-2 предпочтительно нацелены на белки, высоко экспрессируемые во время инфекции, о чем свидетельствуют результаты картирования эпитопов M и S (spike).

Рис. 1 . Характеристика эпитопов SARS-CoV-2, идентифицированных у неэкспонированных доноров.
Реактивность определяли методом ФлюороСПОТ-анализа после 17 дней стимуляции in vitro неэкспонированных донорских PBMCs (n = 18) с одним пулом пептидов, охватывающим всю последовательность спайкового белка (CD4-S) или неспайкового “мегаполя” (CD4-R) прогнозируемых эпитопов из неспайковых (т. е. “остаточных”) областей вирусного генома. (A) Резюме ответов в зависимости от белка происхождения. (B) Корреляция Спирмена положительных ответов на размер белка SARS-CoV-2. (С) Процентное сходство идентифицированных эпитопов с пептидами коронавируса простуды в зависимости от числа ответивших доноров. (D) Каждая точка показывает реактивность комбинации донор-эпитоп, полученной либо из нешайкового (CD4-R), либо из спайкового (CD4-S) белка. Черные полосы указывают на среднее геометрическое и геометрическое SD. Красный цвет указывает на комбинации донор-эпитоп с идентичностью последовательности >67% с коронавирусами простуды, а синий-на высокореактивные комбинации донор-эпитоп (>>1000 SFC*10>>6) с идентичностью последовательности ≤67%. В пунктах (В) и (Г) статистические сравнения проводились с помощью двуххвостого критерия Манна–Уитни. ***Р < 0,001, ****Р
Гомология последовательности идентифицированных эпитопов SARS-CoV-2 с другими распространенными HCoV
Когда это исследование эпитопного картирования было начато, предполагалось, что эпитопное картирование культуры Т-клеток in vitro выявит репертуар эпитопов, связанный с генерацией de novo ответов от наивных Т-клеток. Однако в то время как эти исследования эпитопного картирования продолжались, мы и другие обнаружили значительную реактивность ex vivo против объемных пулов пептидов SARS-CoV-2 (3-7) и предположил, что это может отражать наличие Т-клеток памяти, перекрестно реагирующих между HCoVs и SARS-CoV-2. Эти другие HCOV широко циркулируют в человеческих популяциях и, как правило, ответственны за легкие, обычно недиагностированные респираторные заболевания, такие как обычная простуда (14-16). Однако в настоящее время отсутствуют экспериментальные данные отом, действительно ли существуют CD4 + Т-клетки памяти, перекрестно реагирующие между SARS-CoV-2 и другими HCOV.
Поэтому далее мы определили степень гомологии для всех четырех широко циркулирующих HCoV для всех 142 эпитопов SARS-CoV-2, идентифицированных здесь. Для анализа мы разделили пептиды на три группы по иммуногенности следующим образом: (i) никогда не иммуногенные, (ii) иммуногенные у одного индивидуума или (iii) иммуногенные у двух или более индивидуумов (рис. 1С). Было значительно более высокое сходство последовательностей в пептидах, распознанных более чем одним человеком, по сравнению с пептидами, распознанными одним человеком или не распознанными вообще (Р < 0.0001, двусторонний критерий Манна–Уитни). Кроме того, почти все доноры из неэкспонированной когорты, использованные для эпитопного скрининга, были серопозитивны к трем широко циркулирующим HCoV (HCoV-NL63, HCoV-OC42 и HCoV-HKU1) (рис. S1B). Таким образом, данные по гомологии эпитопов и серопозитивности свидетельствуют о том, что перекрестная реактивность Т-клеток вероятна между SARS-CoV-2 и HCoVs, уже установленными в человеческой популяции.
Чтобы выбрать подмножества эпитопов для более детального анализа, мы построили график величины Т-клеточного ответа каждого положительного эпитопа на донора (рис. 1D). Этот анализ подтвердил доминирование спайкового антигена над эпитопами, полученными из остальной части генома (Р
Затем мы выбрали две категории эпитопов SARS-CoV-2, представляющих интерес. Первой категорией были эпитопы с потенциальной перекрестной реактивностью от HCoVs. Мы изначально выбрали 67% произвольные выключения потому что мы решили, что в 9-Mer является эпитоп области участвует в привязке к классу II (23) и одного или двух остатков в дополнение к 9-мер сердечника области часто требуется для оптимального распознавания (24) (фиг. 1Д, красный). Во-вторых, мы независимо фильтровали для любых эпитопов, связанных с высокими ответами (top ~30%; рис. 1D, синий). Это привело к отбору 31 эпитопа из спайка (шесть с высокой гомологией и 25 для доминантных ответов), организованных в новый пул CD4-[S31]. Точно так же мы сгенерировали новый пул CD4-[R30], состоящий из 30 эпитопов из оставшейся части генома (девять с высокой гомологией и 21, связанный с сильными ответами; рис. 1D). Эти пулы эпитопов затем использовались для дальнейших исследований CD4+ Т-клеток.
Прямое доказательство реактивности к эпитопам HCoV, гомологичным эпитопам SARS-CoV-2
Чтобы непосредственно решить, можно ли приписать реактивность против SARS-CoV-2 у неэкспонированных доноров перекрестной реактивности против других HCoV, мы разработали пептидный пул, включающий пептиды, гомологичные эпитопам CD4-R30, полученным из HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43, HCoV-HKU1 и нескольких других HCoV (см. Материалы и методы), в общей сложности 129 гомологов HCoV (HCoV-R129; таблица S2). Аналогичным образом мы синтезировали пул, который включал пептиды, гомологичные эпитопному пулу SARS-CoV-2 CD4-S31, состоящему из потенциальных эпитопов, полученных из других HCoV, в общей сложности 124 гомолога HCoV (HCoV-S124; таблица S3).
Затем мы использовали активационно-индуцированный маркерный анализ (25-27) для выявления вирусспецифичных Т – клеток в новом наборе неэкспонированных доноров, не использованных для исследований идентификации эпитопов (рис. 2А и таблица S4) и набор выздоравливающих пациентов с COVID-19 (таблица S5). Мы обнаружили значимые ex vivo CD4+ Т-клеточные реакции против нешпиковых (CD4-R) и спайковых (CD4-S) пептидов SARS-CoV-2 по сравнению с отрицательным контролем [диметилсульфоксид (ДМСО)] (рис. 2, Б иВ ; Р < 0,0001 и Р < 0,0001 соответственно, двусторонний критерий Манна–Уитни). Эти ответы были увеличены в случаях COVID-19 по сравнению с неэкспонированными испытуемыми (рис. 2D; Р = 0,0015 и Р = 0,0022 соответственно, двухвостый тест Манна–Уитни), как сообщалось ранее (4). У неэкспонированных испытуемых были обнаружены значимые частоты CD4+ Т-клеток против пулов эпитопов CD4-R30 и CD4-S31 SARS-CoV-2 по сравнению с отрицательным контролем (рис. 2Б; Р = 0,0063 и Р = 0,0012 соответственно, двухвостый тест Манна–Уитни). Значительный CD4+Реактивность Т-клеток также наблюдалась на фоне соответствующих пулов HCoV-R129 и HCoV-S124 соответствующих гомологических пептидов из других HCoVs (рис. 2Д; Р < 0,0001 и Р Обнаружение CD4+ Т-клеток с пептидными пулами, отобранными на основе гомологии, согласуется с гипотезой о том, что перекрестно реактивные CD4+ Т-клетки между SARS-CoV-2 и другими HCoV существуют у многих индивидуумов.

Рис. 2 CD4+ Т-клетки у пациентов с SARS-CoV–2-неэкспонированным и восстановленным COVID-19 на фоне эпитопов HCoV, гомологичных эпитопам SARS-CoV-2.
(A) Пример стратегии стробирования проточной цитометрии антигенспецифических CD4+ Т-клеток на основе активационно-индуцированных маркерных анализов (двойная экспрессия OX40 + и CD137+) после стимуляции PBMCs пептидами HCoV или SARS-CoV-2. (B - D) Антигенспецифичные CD4+ Т-клетки измеряли как процент активационно-индуцированных маркер–позитивных (OX40+CD137+) CD4+ Т-клеток после стимуляции PBMCs эпитопами HCoV, гомологичными эпитопам SARS-CoV-2. Образцы были получены от неэкспонированных доноров SARS-CoV-2 (n = 25) и выздоровевших пациентов с COVID-19 ( n = 20). Черные полосы обозначают среднее геометрическое и геометрическое SD. Каждая точка является репрезентативной для отдельного субъекта. Статистические попарные сравнения [(B) и (C)] проводились с помощью критерия Вилкоксона. Значения P, связанные с сравнениями с контролем DMSO, перечислены в нижней части графиков, а любые значимые значения P, связанные с межгрупповыми сравнениями, перечислены в верхней части графиков. Статистические сравнения между когортами проводились с помощью критерия Манна–Уитни (D). См.также рис. S5 и S6.
Reactivity against CD4-R30 and CD4-S31 (Fig. 2D; P = 0.0008 and P = 0.0026, respectively), but not against HCoV-R129 and HCoV-S124, was increased in COVID-19 cases compared with unexposed individuals (Fig. 2C). Thus, preexisting CD4+ T cell reactivity to HCoV epitopes is modulated by COVID-19 and exposure to cross-reactive SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19. These data from COVID-19 cases do not support the hypothesis that the HCoV exposure might induce an original antigenic sin phenomenon, impairing subsequent T cell responses to SARS-CoV-2 epitopes (28, 29), at least for COVID-19 cases of average disease severity.
Затем мы изучили фенотип памяти ex vivo Т-клеток, реагирующих на различные эпитопные мегапулы. Результаты одного репрезентативного неэкспонированного донора показаны на рис. 3А. Ответные клетки у неэкспонированных доноров были преимущественно обнаружены в популяции эффекторных CD4+ Т-клеток памяти (CD45RAnegCCR7neg), за которыми следовали центральные Т-клетки памяти (CD45RAnegCCR7pos) (30) (рис. 3, А, Б и Г). Сопоставимые паттерны эффекторных и центральных клеток памяти наблюдались среди антигенспецифичных CD4+ Т-клеток, обнаруженных в случаях COVID-19 (рис. 3, В и Г). CD4 + Т-клетки у неэкспонированных доноров, распознающие эпитопы SARS-CoV-2 и эпитопы других HCoV, имеют фенотип памяти. В целом эти данные согласуются с тем, что SARS-CoV-2–реактивные CD4+ Т-клетки у неэкспонированных субъектов являются HCoV-специфичными CD4+ Т-клетками памяти с перекрестной реактивностью к SARS-CoV-2.

Рис. 3 . Фенотипы антигенспецифических CD4+ Т-клеток у больных SARS-CoV–2-неэкспонированных и восстановленных COVID-19, реагирующих на эпитопы HCoV, гомологичные эпитопам SARS-CoV-2.
(A) Пример стратегии стробирования проточной цитометрии для антигенспецифичных субпопуляций CD4+ Т-клеток после ночной стимуляции PBMCs пептидами HCoV или SARS-CoV-2 ex vivo (B и C) Фенотип антигенспецифических CD4+ Т-клеток (OX40+CD137+), реагирующих на указанные пулы эпитопов SARS-CoV-2 и HCoV у неэкспонированных субъектов и выздоровевших пациентов с COVID-19. Данные представлены в виде среднего значения ± SD. Каждая точка представляет собой отдельный субъект. Статистические попарные сравнения в (Б) и (В) проводились с помощью критерия Вилкоксона. (D) Общие средние значения антигенспецифических CD4+ Подмножества Т-клеток, обнаруженные у неэкспонированных субъектов и выздоровевших пациентов с COVID-19. См. также рис. S5.
Идентификация эпитопов SARS-CoV-2, перекрестно реагирующих с другими распространенными HCoV
Эпитопы, полученные из пулов CD4-R30 и CD4-S31, были использованы для генерации краткосрочных Т-клеточных линий, полученных путем стимуляции PBMCs от неэкспонированных субъектов. PBMCs стимулировали индивидуальным родственным эпитопом SARS-CoV-2, который, как было показано, распознается Т-клетками этого субъекта (рис. 1 и таблица S1). В целом можно было получить линии Т-клеток, специфичные в общей сложности для 42 эпитопов SARS-CoV-2.
Затем эти линии Т-клеток были протестированы на перекрестную реактивность против различных гомологов коронавируса, аналогично подходу, ранее успешному в исследованиях флавивирусов (31). Перекрестная реактивность между распознаванием эпитопов SARS-CoV-2 и другими HCoV-эпитопами была обнаружена для 10/42 (24%) линий Т-клеток (рис. 4, А-J). Перекрестная реактивность была связана с эпитопами, полученными из спайка SARS-CoV-2, N, nsp8, nsp12 и nsp13. В трех случаях аналоги HCoV были лучшими антигенами, чем пептид SARS-CoV-2, что позволяет предположить, что они могут быть родственным иммуногеном (рис. 4, E, I и JОдин спайковый эпитоп SARS-CoV-2 был протестирован у двух разных доноров с аналогичными результатами, предполагающими, что паттерны перекрестной реактивности HCoV рецидивируют у разных людей. Также показаны некрещивающиеся линии Т–клеток SARS-CoV-2 (рис. 4, K - Lи рис. S4). Возможно, что перекрестная реактивность на эти эпитопы может быть обнаружена, если будут протестированы линии Т-клеток от дополнительных индивидуумов. Кроме того, эти эпитопы могут быть гомологичны какой-либо другой, пока еще не идентифицированной вирусной последовательности или распознаваться родственными наивными Т-клетками, экспрессирующимися в культуре in vitro (32Кроме того, только 3/18 случаев сильных ответных эпитопов (определенных на рис. 1D) были перекрестно реактивными по сравнению с 4/5 более слабых эпитопов (Р = 0,02, точный критерий Фишера). Чтобы еще раз продемонстрировать, что кросс-реактивные реакции у неэкспонированных доноров действительно происходят из Т-клеток памяти, мы стимулировали очищенную память и наивные CD4+ Т-клетки с помощью пула эпитопов CD4 - [S31]. Через 14 дней мы обнаружили ответы на пептидный пул CD4-[S31] из культур памятных CD4+ Т-клеток, но не наивных CD4+ Т-клеток (рис. S8). Эти данные показывают, что память CD4+ Т-клетки, распознающие коронавирусы простуды, включая HCoV-OC43, HCoV-HKU1, HCoV-NL63 и HCoV-229E, могут проявлять значительную перекрестную реактивность к гомологичному эпитопу при SARS-CoV-2.


Рис. 4 .Перекрестная реактивность SARS-CoV-2 и гомологичных пептидов HCoV.
Двенадцать краткосрочных клеточных линий были сгенерированы с использованием специфических комбинаций донор-эпитоп SARS-CoV-2, выбранных на основе первичного экрана. После 14 дней экспансии in vitro каждую линию Т-клеток тестировали с эпитопом SARS-CoV-2, используемым для стимуляции, и пептидами, соответствующими аналогичным последовательностям из других HCoV в шести различных концентрациях (1, 0.1, 0.01, 0.001, 0.0001, и 0,00001 мкг/мл). SFC/106 PBMCs строятся для линий Т-клеток, стимулированных каждым пептидом. См. также рис. S7.
Затем мы исследовали для каждой пары эпитопов SARS-CoV2:HCoV степень гомологии аминокислотных последовательностей и любую связь между гомологией и перекрестной реактивностью Т-клеток, рассматривая различные диапазоны потенциально релевантных гомологий. Только 1% (1/99) пептидных пар с гомологией от 33 до 40% были перекрестно реактивными. В диапазоне гомологии эпитопов от 47 до 60% мы наблюдали перекрестную реактивность в 21% случаев (7/33). Гомология эпитопов ≥67% была связана с перекрестной реактивностью в 57% случаев (21/37; Р = 0,0001 или Р = 0,0033 по точному критерию двухвостого Фишера по сравнению с эпитопами диапазона от 33 до 40% или диапазоном от 47 до 60% соответственно). Наблюдалась связь между гомологией эпитопов иперекрестной реактивностью CD4 + Т-клеток. Полученные данные показали, что произвольный выбор используется так, как описано на рис. 1D это действительно подтверждалось экспериментальными данными. Таким образом, гомология аминокислот ~67%, по-видимому, является полезным ориентиром для рассмотрения потенциальной перекрестной реактивности между эпитопами класса II. Таким образом, мы идентифицировали более 140 эпитопов Т-клеток человека, полученных из генома SARS-CoV-2. Мы приводим прямые доказательства того, что многочисленные CD4+ Т-клетки, реагирующие на эпитопы SARS-CoV-2, на самом деле перекрестно реагируют с соответствующими гомологичными последовательностями из любого из множества различных обычно циркулирующих HCoV, и что эти реактивные клетки в значительной степени являются каноническими памятными CD4+ Т-клетки. Эти данные о кросс-реактивной специфичности Т-клеток HCoV резко контрастируют с HCoV-нейтрализующими антителами, которые являются специфичными для вида HCoV и не показали кросс-реактивности против SARS-CoV – 2 RBD (33-35). На основании этих данных можно предположить, что ранее существовавшая кросс-реактивная HCoV CD4+ Т-клеточная память у некоторых доноров может быть фактором, способствующим изменениям исходов заболевания у пациентов COVID-19, но в настоящее время это весьма спекулятивно (36).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
science.sciencemag.org/content/370/6512/89/suppl/DC1
Материалы и методы
Инжир. S1-S8
Таблицы S1 - S6
Ссылки (37–47)
Контрольный список воспроизводимости MDAR
Просмотрите/запросите протокол для этой статьи в Bio-protocol.
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Это статья открытого доступа , распространяемая на условиях лицензии Creative Commons Attribution license, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии, что оригинальная работа должным образом цитируется.

_________________
Сахарный диабет – не образ жизни, а враг, которого можно победить. © Х. Каналес


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ 1 сообщение ] 

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron

Русская поддержка phpBB